เจ้าหญิงโซเฟีย มักดาลีนาแห่งเดนมาร์กประสูติในวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2289 ณ พระราชวังคริสเตียนบอร์ก โคเปนเฮเกน เป็นพระราชธิดาพระองค์โตในพระเจ้าเฟรเดอริกที่ 5 แห่งเดนมาร์กกับพระมเหสีพระองค์แรก สมเด็จพระราชินีหลุยส์แห่งเดนมาร์ก ในปีพ.ศ. 2294 ขณะมีพระชนมายุ 5 พรรษา เจ้าหญิงทรงถูกหมั้นหมายกับรัชทายาทแห่งราชบัลลังก์สวีเดน คือ เจ้าชายกุสตาฟ และนำมาซึ่งการขึ้นเป็นสมเด็จพระราชินีแห่งสวีเดน การอภิเษกสมรสถูกจัดแจงโดยรัฐสภาไม่ใช่พระราชวงศ์สวีเดน และเจ้าหญิงทรงเป็นที่ชิงชังจากสมเด็จพระราชินีหลุยซา อัลริคาซึ่งทรงขัดแย้งกับรัฐสภามาเป็นเวลานานและทรงต้องการให้พระราชโอรสอภิเษกสมรสกับพระนัดดาของพระนางเองคือ มาร์เกรฟวีนฟิลิปพินส์แห่งบรันเดนบวร์ก-ชเวดท์ ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2309 เจ้าหญิงโซเฟีย มักดาลีนาได้อภิเษกสมรสกับเจ้าชายกุสตาฟโดยผ่านตัวแทนที่พระราชวังคริสเตียนบอร์กในโคเปนเฮเกน และทั้งสองพระองค์ได้อภิเษกสมรสอย่างเป็นทางการที่สต็อกโฮล์ม ในวันที่ 4 พฤศจิกายน

การเข้าสู่ราชสำนักสวีเดน

ในราชสำนักสวีเดน เจ้าหญิงทรงได้รับการต้อนรับด้วยความเมตตาจากสมเด็จพระเจ้าอดอล์ฟ เฟรเดอริคแห่งสวีเดน พระสัสสุระแต่สมเด็จพระราชินีหลุยซา อัลริคา พระสัสสุซึ่งทรงปกครองราชสำนัก พระนางทรงชิงชังเจ้าหญิงและแม้กระทั่งเจ้าชายกุสตาฟ พระสวามีก็ไม่สนพระทัยในเจ้าหญิง สมเด็จพระราชินีหลุยซา อัลริคาทรงพยายามโน้มน้าวให้พระราชโอรสห่างเหินกับพระสุณิสา ซึ่งเจ้าชายกุสตาฟทรงรังเกียจแม้แต่จะคิดถึงเรื่องการมีเพศสัมพันธ์กับสตรีจนไม่ประสงค์แม้แต่จะลอง คนผู้หนึ่งในสมัยนั้นได้กล่าวว่า "เจ้าชายองค์นี้ไม่เคยแสดงความจงรักภักดีต่อหน้าแท่นบูชาวีนัส"[1] ในปีพ.ศ. 2312 เมื่อศิลปินชาวสวีเดนเดินทางไปเยือนราชสำนักเดนมาร์กของสมเด็จพระเจ้าคริสเตียนที่ 7 แห่งเดนมาร์ก พระเจ้าคริสเตียนตรัสถามเขาถึงพระพลานามัยของพระเชษฐภคินี ศิลปินผู้นั้นทูลตอบว่า "เจ้าหญิงทรงสุขสบายดีเท่าที่สตรีผู้สมรสมาเกือบสามปีแต่ยังบริสุทธิ์ผุดผ่องพึงรู้สึกพะย่ะค่ะ"[2] เจ้าหญิงโซเฟีย มักดาลีนาทรงได้รับการบรรยายว่าเป็นเจ้าหญิงที่ทรงพระสิริโฉม เจ้าหญิงทรงนำสินสมรสจำนวนมากมายังราชสำนักสวีเดนนับตั้งแต่พ.ศ. 2223 ที่ซึ่งเจ้าหญิงอัลริคา เอเลโอนอราแห่งเดนมาร์กได้อภิเษกสมรสกับสมเด็จพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 11 แห่งสวีเดน เจ้าหญิงโซเฟีย มักดาลีนาทรงได้รับการศึกษาเพื่อทำหน้าที่พระราชินีที่ดี พระนางทรงได้รับการสรรเสริญมากแต่ไม่ทรงได้รับความนิยมอันเนื่องจากการที่ทรงได้รับการอบรมดูแลอย่างเข้มงวดทำให้เป็นการยากที่จะทรงปรับตัวให้เข้ากับราชสำนักสวีเดน โดยตามธรรมชาติ พระนางมีพระบุคลิกที่เยือกเย็นและถือพระองค์ หลังจากพระเจ้าอดอล์ฟ เฟรเดอริคแห่งสวีเดนเสด็จสวรรคตในปีพ.ศ. 2314 เจ้าชายกุสตาฟได้ขึ้นครองราชย์เป็น สมเด็จพระเจ้ากุสตาฟที่ 3 แห่งสวีเดน ในปีถัดมา เจ้าหญิงโซเฟีย มักดาลีนาได้รับการสวมมงกุฎสมเด็จพระราชินีแห่งสวีเดน